Morbus Crohn kann sowohl mit permanenten Beschwerden einhergehen als auch eine schubartige Verlaufsform nehmen.
Morbus Crohn ist eine lebenslange Erkrankung, die bei jedem Patienten individuell verläuft. Permanente Beschwerden, ob leicht oder stark, können ebenso vorkommen wie ein schubhaftes Auftreten. Auch die Schwere der Erkrankung kann sehr unterschiedlich sein, in der Regel nimmt diese über die Jahre hinweg jedoch ab.
In den befallenen Bereichen sind alle Schichten der Darmwand entzündet. Dies kann zu unterschiedlichen Komplikationen führen: Teilweise werden durch die Entzündung regelrechte Gänge in benachbarte Gewebe "gegraben". Diese so genannten Fisteln können Verbindungen vom Darm zur Haut, Blase, Scheide oder zu anderen Darmschlingen sein.
Auch die Bildung von Abszessen, also abgeschlossenen Eiteransammlungen, ist eine häufige Komplikation des Morbus Crohn. Ebenfalls wichtig zu erwähnen, sind Verengungen des Darms (Stenosen), die meist während oder als Folge eines akuten Schubes entstehen. Je nach den Risiken, die mit ihnen verbunden sind, müssen diese Komplikationen behandelt werden, wobei medikamentös und/oder chirurgisch vorgegangen kann.

